Le Baphuon a une forme pyramidale se dressant à 43 mètres de hauteur, et se trouvant à 200 mètres au nord-ouest du Bayon; il représente le mythique mont Meru.
Il fut construit lors des règnes de Suryavarman Ier puis de Udayadityavarman II (1049-1065), et il était le centre de la cité précédent Angkor Thom. Il a donc du être un des plus beaux temples, malheureusement il est actuellement en mauvais état (le sommet notamment s'est effondré), et en cours de restauration (tout le site n'est donc pas accessible, en fonction des travaux).
L'accès au temple se fait par une chaussée en grès surélevée longue de 200 mètres. Un boudha couché de 40 mètres de long a également commencé à être taillé, vers le XV ème siècle, sur un mur de soutènement du côté ouest. Il n'y a cependant pas grand chose à voir.